工具顯微鏡是很精密的測量儀器，如果保養的不好，將會很大程度的降低使用壽命和精度。工具顯微鏡在不用時，用塑料袋包起來，然后在塑料帶里放1~2包干燥劑，顯微鏡放到通風的環境下，物鏡鏡頭要定期擦。
1、工具顯微鏡最好能放置在清潔干凈的場所，但一般在機械工廠使用的機會很多，所以要注意下面問題：
（1）一般照明不要超過必要的亮度；
（2）不會沾油污的地方；
（3）灰塵少的地方；
（4）振動少的場所；
（5）不會發生溫度急劇變化的地點。
2、玻璃零組件：
玻璃零件應隨時保持清潔，不可沾上污垢，否則生像不清晰而且降低測定精度。
（1）鏡頭：平時注意不要用手[工業電器網-cnelc]觸碰鏡頭，假若鏡頭表面沾有手紋或油污，可用鏡頭清潔劑或者紗布浸濕酒精輕輕擦拭，些微的灰塵是不會影響測定效果的。
（2）測量臺座玻璃：放置測定物時最容易傷及測量臺座的玻璃面，所以要特別注意。若沾上油垢或灰塵用柔軟拭布擦拭。對物透鏡及觀測透鏡的使用也要十分注意。當從顯微鏡拆卸觀測透鏡時容易使顯微鏡的活動焦距沾上灰塵，所以如果不使用也要把觀測透鏡裝在顯微鏡上。
3、電氣零件：
工具顯微鏡必須使用較高壓的電流，如果接觸不良容易產生熱，會發生危險，所以必須隨時檢查，原則上主機必須接地。
4、消耗品及附件：
燈泡及電源保險絲屬于消耗品，購置時應準備備品以便更換。附件則以測定臺玻璃最重要，也須準備備品。
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